Nous sommes reconnaissants d’avoir eu l’occasion d’assister et de présenter, la semaine dernière, à la réunion annuelle de l’AACR, lors de laquelle trois de nos scientifiques ont mis de l’avant certains des travaux fascinants réalisés dans notre laboratoire à Vancouver.
1- Méthode pour déterminer les échantillons d’ADN à instabilité de microsatellites élevée, présentée par Rosalia Aguirre-Hernandez, responsable principale de la biologie computationnelle
Les coûts du séquençage des biopsies tissulaires peuvent s’accumuler rapidement. Cette affiche présente un algorithme d’apprentissage automatique pour déterminer les échantillons présentant une instabilité de microsatellites élevée (IMS) sans avoir recours à du tissu normal, ce qui entraîne typiquement un doublement du coût du séquençage de nouvelle génération.
Un échantillon tissulaire à instabilité de microsatellite élevée (IMS-E) peut constituer un indicateur de tumeur cancéreuse sensible à certains types de traitement. L’équipe d’ICH a conçu une méthode pour classifier un échantillon tissulaire en tant qu’IMS-E sans avoir recours à des tissus normaux de la même personne, réduisant ainsi le coût du séquençage. L’algorithme de détection d’IMS-E que l’équipe a conçu peut déterminer avec précision les échantillons présentant des tumeurs IMS-E. Dans un cadre clinique, les patients en question peuvent être orientés vers des traitements tels que les inhibiteurs du point de contrôle immunitaire.
Lors de la conférence, nous avons reçu plusieurs questions à savoir si notre algorithme est offert publiquement. Si vous souhaitez en savoir plus sur cette étude, ou pour discuter de la façon dont nous pouvons collaborer, n’hésitez pas à nous écrire à: bd@imagiacanexia.com.
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2- Analyse de biopsie liquide chez les patients atteints d’un cancer du sein métastatique ou avancé pendant la pandémie de COVID-19, présentée par Benjamin Furman, bioinformaticien principal.
Par l’entremise du projet ACTT (Accès au dépistage et au traitement du cancer), nous avons gratuitement fourni des analyses de biopsie liquide à un grand nombre de patients canadiens atteints de cancer, à une période de la pandémie COVID-19 lorsque les tests traditionnels étaient difficiles à obtenir. Les données provenant de ces échantillons nous permettent de développer des connaissances sur le paysage mutationnel de différents types de cancer.
Cette affiche en particulier mettait en évidence une population de femmes canadiennes atteintes d’un cancer du sein métastatique qui ont été testées à l’aide d’un ensemble de gènes de biopsie liquide afin de déterminer les biomarqueurs qui pourraient les associer à des thérapies ciblées. Plus de 50 % des échantillons ont été déterminés positifs pour des hormones, dont plus de 60 % présentant des mutations d’ADNtc PIK3CA et ESR1. Des études ont démontré que les tumeurs métastatiques ER positives / HER2 négatives ayant une mutation du gène PIK3CA ont tendance à répondre à la thérapie à l’alpélisib, laquelle est approuvée par la FDA et Santé Canada. Donc, les patients avec ces mutations peuvent être associés à un traitement ciblé.
Grâce à nos partenaires, nous continuerons d’offrir des analyses gratuites aux Canadiens atteints de certains types de cancer. Pour approfondir ce travail, nous espérons explorer ces données plus en détail et ainsi contribuer au domaine scientifique de la génétique du cancer.
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3- Conception d’un classificateur moléculaire en une étape pour le carcinome de l’endomètre, par l’entremise d’un ensemble de gènes basé sur l’amplicon et de la technologie de séquençage de nouvelle génération, présentée par Melissa McConechy, scientifique principale
Le test ProMisE (outil pragmatique de classification moléculaire, ou pragmatic molecular classification tool) original requiert plusieurs étapes pour dériver les sous-types moléculaires du cancer de l’endomètre. Cliniquement, les tests peuvent être effectués dans plusieurs centres et à différents moments, et les résultats peuvent ne pas être communiqués aux patients avant le début du traitement. Cela vient contrecarrer l’objectif des tests moléculaires pour le cancer de l’endomètre, puisque les résultats peuvent aider à déterminer des décisions de traitement plus efficace. Cette affiche présente une étude réalisée par l’équipe ICH qui utilise le test à base d’ADN en une étape Find It. Les résultats ont été comparés à ceux du test ProMisE dans le but de reproduire la valeur pronostique de ProMisE en produisant des résultats concordants, en un seul test. Les résultats ont démontré que le test Find It à lui seul peut effectuer la classification moléculaire, remplaçant deux tests différents.
Un article sur cette étude est en cours de développement et sera bientôt soumis pour publication.
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Pour plus d’informations sur ces affiches et études, ou si vous souhaitez discuter de la façon dont nous pouvons collaborer pour mettre en place ces tests dans votre laboratoire, votre hôpital ou votre centre de soins contre le cancer, n’hésitez pas à nous écrire à: bd@imagiacanexia.com.
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